وعزا التقرير الصادر عن مركز صنعاء للدراسات الاستراتيجية (يمني غير حكومي) ذلك إلى تراجع الإيمان بالفكرة الأساسية لدى التنظيم في صفوف الكثير من أعضائه، وعجز قيادته الحالية عن التعامل بثقة مع الأزمة التي يعيشها التنظيم.
ونقل التقرير عن جهادي سابق كان مقربًا من أسامة بن لادن قوله إن تنظيم القاعدة في اليمن سيدخل في حالة جمود لسنوات قادمة، بسبب أن الزعيم الحالي للتنظيم خالد باطرفي يفتقد إلى مقومات القيادة ويفتقر إلى الرؤية الاستراتيجية كما أنه متطرف عقائديًّا.

كما الرجل الثاني في التنظيم إبراهيم القوصي، الملقب بـ"أبو خبيب السوداني" لا يختلف كثيرًا عن باطرفي، مضيفًا "أقول هذا انطلاقًا من معرفتي الجيدة به، والتي تعود إلى أيام الجهاد في أفغانستان، حين كان طباخًا خاصًا للشيخ أسامة، ومن القيادات الشرعية المقربة منه".

وظهرت مشاكل التنظيم القيادية منذ مقتل الزعيم الأسبق للتنظيم ناصر الوحيشي إذ أن خلفه قاسم الريمي كان مقاتلًا شجاعًا، ولكن قراءته الخاطئة للوضع تجلت عندما وظفت السعودية التنظيم تحت قيادته لقتال جماعة الحوثيين المسلحة، الأمر الذي أضعف في نهاية المطاف الروح القتالية لعناصر التنظيم والتزامهم الأيديولوجي وقوّض أمن التنظيم.
ووفق التقرير البحثي فإن التنظيم أخطأ في قراءة نوايا السعودية منذ عام 2015 وكشف نفسه أمنيًّا وسمح لنفسه بالانجرار في حرب التحالف ضد الحوثيين في الوقت الذي سمحت به الظروف ليوسع نفوذه.
وقال إن واحدة من الأخطاء التي ارتكبها التنظيم تمثلت في انحيازه إلى موقف زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري ضد تنظيم داعش على عكس ما أراد أعضاء التنظيم بشكل عام، إضافة إلى تبنيه سلسلة إجراءات أمنية داخلية جعلت الكثير من عناصره يشعرون بالنفور.

وتبعًا لتلك الأخطاء؛ خسر التنظيم معظم معاقله الرئيسية في محافظات عدة وانخفضت عملياته المحلية بشكل كبير، كما تزعزعت أسسه الأيديولوجية مع اتساع رقعة الخلافات الداخلية والشكوك التي سادت صفوفه منذ عام 2015 والتي أدت إلى انشقاق واعتزال الكثير من عناصره وقادته.

وحث التقرير على إجراء المزيد من البحث لتسليط المزيد من الضوء على كيفية مواجهة الخطر المحتمل الذي يمثله التنظيم. وتشمل المواضيع الممكن البحث فيها مستقبلًا العلاقة بين التنظيم وجماعة النهدي المنشقة عنه ومسار جهود مكافحة الإرهاب في جنوب اليمن.

كما دعا الحكومة اليمنية والبلدان التي التحق بعض مواطنيها بالتنظيم الاستفادة من التململ الذي يشعر به الكثير من عناصر التنظيم لتسهيل وتشجيع عودتهم إلى بلدانهم ودمجهم في المجتمع عبر إعلان عفو عام أو أحكام مخففة.